湖南中医药大学基础医学学科成立于1960年，建校之初即建立了较完整的基础医学教研室，隶属学校基础课部。1986年以基础医学学科为依托，成功申报了中西医结合基础硕士授权点，2017年又以基础医学学科为依托，成功申报了基础医学硕士授权点。经过几十年的建设，形成了具有完整二级学科的机构。
学科以医学院为依托，由病原生物学、生物化学、免疫学、预防医学、生理学、病理学、医学生物学、医学诊断学等8个教研室和基础医学研究所、中西结合防治病原生物学感染研究室（湖南省重点实验室）等组成。
学科坚持教学、科研、产学研相结合；经过建设和积累，形成了6大研究方向。分别是：①心血管疾病发病及防治的病理基础研究，②病原生物致病机理及其防治的研究，③恶性肿瘤发病及防治的细胞生物学研究，④脑功能和脑损伤及其防治的病理生理学研究，⑤组织损伤和修复及其防治的病理机制研究，⑥神经解剖及神经元溃变的组织学研究。六大方向均以疾病的发展病机理与防治为主要研究内容,定位准确，特色鲜明。部分研究在国内同类研究领域居领先水平。
学科秉承“人才培养、科技创新、社会服务、文化引领”的现代大学理念，实行 “平等、民主、自由”的学术原则及“诚信、宽容、自律、博爱”的行为准则。近5年来，研究能力稳步提升，承担国家级项目28项、省部级课题30项。获省部级成果奖5项，发表SCI/ISTP收录论文50篇。尤其在心血管病理生理学、病原生物致病机制、脑功能与脑损伤机制研究方面，居全国领先水平，并结合我校中医药优势，形成了基础医学与中医药学科紧密结合的特色。
